被处死了,但并不是两个儿子,而是一儿一女,孔融得罪手握兵权的曹操,满门被斩,还连累了两个同样是神童的儿女。孔融被害时,他的女儿七岁,男孩九岁,因年幼得以保全。寄在别人家中。二子下棋,孔融被捕,不为之动。左右的人说:“父亲被逮捕,不起,为什么?”答说:“哪里有巢毁坏了卵不破的呢?”主人有给肉汁的,男孩口渴喝了。

女孩说:“今天这样的祸,难道能够久活,还要知道肉味吗?”哥哥号哭而止饮。有人对曹操说了,于是决定都杀掉。等到捉拿的人到,女孩的对哥哥说:“如果死者有知,得见父母,难道不是我们最大的愿望!”于是引颈就刑,颜色不变。时人都为之悲伤。

建安十三年（208年），曹操将孔融诛杀，灭三族，“大逆不道，宜极重诛。书奏，下狱弃市。时年五十六。妻、子皆被诛。”令人唏嘘的是，当官军来抓捕孔融时，孔融苦苦哀求希望曹操能放过自己两个不到10岁的儿子。

就在此时，孔融其中一个儿子慢悠悠地说了9个字：“覆巢之下，复有完卵乎?”孔融儿子这句话后来也成为了千古名言，人们经常用“覆巢之下焉有完卵”比喻一旦整体发生变故，那么个体或者局部也不能保全。